โครงสร้างองค์กร
เนคเทคเป็นหน่วยงานเฉพาะทางหน่วยหนึ่ง ของสำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ (สวทช.) ซึ่งเป็นหน่วยงานของรัฐ แต่มีการบริหารงานในรูปแบบที่เป็นอิสระจากระบบราชการ ภายใต้สังกัดกระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
ในปี พ.ศ. 2553 ได้มีการกำหนดโครงสร้างองค์กรใหม่ให้สอดคล้องกับยุทธศาสตร์การบริหารของ สวทช. ดังนี้











